《条例》规定，从事入网食品生产经营，应取得生产经营许可证或核准证，允许食品生产加工小作坊和食品小经营凭食品生产经营核准证入网经营，提供入网餐饮服务的，应当具有实体经营门店，而通过互联网销售食用农产品的，不需要取得许可。此外，网络食品交易第三方平台提供者，应当在通信主管部门批准三十个工作日内，向所在地省人民政府市场监督管理部门备案。
《条例》体现了对“三小”（食品生产加工小作坊、食品小经营和食品摊贩）严管与扶持相结合的精神。按照宽严相济、过罚相当原则，《条例》对“三小”单独设定了处罚，对严重违法行为，实行严厉处罚，对危害较轻的违法行为，比照一般生产经营者，适当降低了处罚。
《条例》规定建立食品安全全程追溯制度，细化了绿色食品、有机食品和地理标志产品的生产经营主体，推动实现食用农产品源头可追溯、流向可追踪、信息可查询、责任可追究。同时，建立食品安全举报奖励制度，设立食品安全举报奖励资金，并将其纳入本级政府财政预算，保证有奖举报制度可操作、可执行。
《条例》增加了食品生产企业应当向社会公开承诺，对企业标准的真实性、合法性、安全性负责的内容；增加了重点环节检验检测项目和餐饮配送服务以及餐厨废弃物投放要求；增加了关于加强行政执法和刑事司法相衔接的条款；增加了关于责任约谈的相关内容。
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